Berdasarkan hasil penelitian yang kami ambil dari berbagai sumber lisan dan non lisan, secara garis besar sejarah Islam di Indonesia terbagi menjadi 6 era besar, yaitu sebagai berikut.
I. Sejarah Indonesia Pra-Islam
(Prasejarah – 610 Masehi)
Periode ini mencakup tentang penciptaan bumi dan alam semesta, Sang Hyang Adharma atau Nabi Adam as, sejarah para nabi, agama tauhid leluhur Nusantara, hingga kaitan antara leluhur Nusantara dalam kisah para nabi dan rasul sebelum Nabi Muhammad saw.
II
Sejarah Indonesia
Masa Perkembangan Islam
(610 – 800 Masehi)
Periode ini mencakup tentang bagaimana masuknya Agama Islam ke Nusantara yang dibawakan oleh para utusan Rasulullah saw dari kalangan keluarga dan sahabat, para utusan khalifah setelah Rasulullah saw, hingga muslimin yang hijrah ke Nusantara setelah peristiwa Karbala.
III
Sejarah Indonesia
Masa Pemerintahan Islam Lama (Mataram Kuno)
800 – 1613 Masehi
Periode ini mencakup tentang awal mula terbentuknya Pemerintahan Islam di Nusantara, dibentuknya Dewan Wali (Walisongo), hingga pembubaran sistem kesunanan yang digantikan oleh sistem kerajaan pada era Sultan Agung.
IV
Dibentuknya VOC &
Berdirinya Mataram Baru Hingga Bubarnya Mataram
1602 – 1755 Masehi
Periode ini mencakup tentang dibentuknya perusahaan dagang EIC dan VOC yang nantinya memperkuat kolonialisasi bangsa Eropa di Nusantara, dimulainya sistem kerajaan yang mengadopsi kesultanan Turki Usmani, hingga masuknya VOC.
V
Sejarah Indonesia
Era Kolonial
1755 – 1945 Masehi
Periode ini mencakup tentang kolonialisasi oleh VOC di Nusantara dengan politik devide et impera, berbagai perlawanan dan peperangan yang dipimpin oleh para tokoh berpengaruh, masuknya Jepang ke Nusantara, hingga perjuangan Kemerdekaan Indonesia.
VI
Sejarah Islam di Indonesia
Era Kemerdekaan
1945 Masehi – sekarang
Periode ini mencakup tentang Islam pasca Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia dan peristiwa-peristiwa penting yang terjadi pada pemerintahan Orde Lama dan Orde Baru, hingga peristiwa terkini yang berkaitan dengan Islam di Indonesia.
Ringkasan alur waktu sejarah Indonesia diatas adalah hasil riset yang secara intensif kami lakukan sejak tahun 2009, yang bersumber dari ratusan buku, naskah-naskah kuno, hasil riset para peneliti dalam dan luar negeri sejak era kolonial hingga yang terbaru, dan kunjungan ke situs-situs sejarah penting di Sumatera, Jawa, Kalimantan, dan Sulawesi.
Sofia Abdullah 